能源科学与工程学院（原采矿工程系、资源与材料工程系）前身是1909年创建的焦作路矿学堂矿冶组。

1921年更名为焦作矿务大学矿冶组，1931年易名为焦作工学院矿冶组，直到1951年迁离焦作，焦作工学院是我国最早的矿业高等院校，采矿工程学科是我国高等教育最早的矿冶工程学科的一个分支。1958年在焦作工学院原址上重建焦作工学院并更名为焦作矿业学院，招收四年制本科采煤专业学生，1959年3月，焦作煤矿学校并入焦作矿业学院，学院建立采煤系，设有采煤专业，有学制四年的本科和学制三年的煤层地下开采专业。1960年采煤专业改名为矿区开采专业，增设煤矿工 业经济专业。

1962年4月，采煤系、机电系合并为采煤机电系，设立有采矿（地下采煤专门化）、矿山机电两个本科专业和通风安全、劳动工资两个专科专业，学制分别为4年和2年。1963年初春，采煤机电系改名为煤矿工程系。1963年7月，煤矿工程系分为采煤系、机电系，本科专业学制由4年改为5年，采煤系只设采矿（地下采煤专门化）专业。1966年六月“文化大革命”开始后，组织机构瘫痪。

1972年初，采煤系恢复，设置煤矿建井与开采专业，学制为三年。1977年秋，全国恢复高考制度，开始招收本科学生，煤矿建井与开采专业改为地下采煤专业，学制为四年。1978年8月，增设煤矿建井专业，为4年制本科，1982年9月，地下采煤专业改为采矿工程专业，煤矿建井专业改为矿井建设专业，并开始招收采矿工程专业硕士研究生。1984年4月，成立矿山开发设计研究所，9月，采煤系改为采矿工程系，增设煤矿工业济管理工程专业，为三年制专科。1985年8月，煤矿工业经济管理工程专业改为工业管理工程专业 由采矿工程系分出，建立经济管理工程系。

1986年7月，经国家学位委员会批准，采矿工程专业取得硕士学位授予权。1988年增设工业与民用建筑专业，为 2年制专科，增设矿山通风与安全专业，为3年制专科。1989年获得安全技术及工程硕士学位授予权，1993年9月矿山通风与安全改为本科专业。1994年3月，经学院批准，矿井建设和工业与民用建筑专业从采矿工程系分出，成立建筑工程系。

1995年4月5日，经国家教委批准，学院重新更名为焦作工学院， 根据学科发展需要，同年5月17日学院批准采矿工程系易名为“资源与材料工程系”，9月增设硅酸盐生产工艺及无机非金属材料工艺及制品两个专科专业。1996年9月增设无机非金属材料本科专业。1997年9月增设矿物加工工程本科专业。根据1998年3月国家教委专业调整，1999年9月，无机非金属材料调整为材料科学与工程本科专业，矿山通风与安全本科专业调整为安全工程专业。2000年8月获得矿物加工工程硕士学位授予权，9月增设工业工程本科专 业。

2003年采矿工程、安全工程获得工学博士学位授予权。供热、供燃气、通风空调工程获得工学硕士学位授权。

2005年春，根据学校发展需要，资源与材料工程系一分为三，其中采矿工程和工业工程两个专业组建为现在的能源科学与工程学院（其它两个新成立学院为安全学院和材料学院）。

2006年获得矿业工程（一级学科）博士学位授予权。同年正式建设交通工程专业。

2009年底，煤与煤层气工程专业调整到我院。

2010年，采矿工程系增设矿压教研室。

2011年11月，“深井瓦斯抽采与围岩控制国家地方联合实验室”获准立项建设。

2012年4月，“煤与煤层气安全高效开采”工程技术研究中心验收获得优秀评价。

2012年9月，矿业工程科学在河南省第七批重点科学验收中，获得优秀评价。10月份在第八批重点学科申报中，被认定为河南省一级特色重点学科。

2014年7月，"煤矿现代化开采与岩层控制"河南省院士工作站获准立项建设。

2014年12月，“煤矿岩层控制河南省国际联合实验室”获准立项建设。